Cirkonij je kemično zelo aktiven element. Pri visokih temperaturah zlahka reagira z različnimi plini v ozračju in je odporen proti koroziji. Uporablja se v naftni, kemični, atomski in drugih industrijah. Pri varjenju cirkonija lahko zrak zlahka prizadene območje varjenja in toplotno prizadeto območje. Kisik, vodik, dušik in drugi elementi so onesnaženi, tvorijo trde in krhke spojine, posledica pa je krhka igličasta struktura, trdota in trdnost zvarnih spojev se povečata, plastičnost pa se zmanjša.
Zato je treba pri varjenju cirkonija popolnoma zaščititi bazen staline, varjenje in toplotno prizadeto območje ter popolnoma izolirati zrak. Varjenje cirkonijevih plošč običajno uporablja varjenje z volframovim inertnim plinom. Druge metode varjenja cirkonijeve plošče vključujejo varjenje z elektronskim žarkom, varjenje s plazemskim oblokom in uporovno varjenje. Koeficient toplotne razteznosti in modul elastičnosti cirkonija sta majhna, zato sta varilna deformacija in varilna preostala napetost majhna. V primeru, da ni onesnaženja, zvar ni nagnjen k kristalizacijskim in hladnim razpokam. Zlahka reagira na atmosfero pri visokih temperaturah. Kisik začne absorbirati pri 200, vodik pri 300 in dušik pri 400.
Druga velika težava pri varjenju cirkonija je, da je zvar preveč zmehčan, varilni predmet je enostavno premakniti, zvar v korenu pa zlahka prežge. Zato je treba pri varjenju cirkonija pravilno pritrditi varilni predmet in poskusiti uporabiti dvostransko varjenje, razen titana, niobija in srebra. , vanadija in cirkonija ni mogoče neposredno variti z drugimi kovinami.